El control interno juega un papel significativo en aquellas instituciones de microfinanzas (IMFs) estructuradas como organismos no gubernamentales (ONGs), las cuales por definición no tienen un propietario. La experiencia ha demostrado que las instituciones de microfinanzas no pueden sólo considerar evaluaciones externas hechas por los donantes, reguladores o auditores externos para identificar fraude y otros problemas internos. Estas evaluaciones muchas veces son muy superficiales para asegurar que la IMF esta controlando sus riesgos de manera exitosa. En ese sentido, es la responsabilidad del consejo directivo y de los gerentes hacer que sus empleados participen y se comprometan en los procesos de control interno.

Un grupo de trabajo conformado por directores de finanzas y auditores internos del MicroFinance Network (La Red de Microfinanzas) han colaborado en proporcionar la mayoría del contenido para esta publicación, incluyendo los ejemplos de casos prácticos. La guía describe como seleccionar, implementar y evaluar efectivamente los controles internos. También discute como desarrollar un plan de auditoria, conducir auditorias a agencias u oficinas, cartera de clientes, reportes y seguimiento, poniendo un espacial énfasis en como descubrir y prevenir casos de fraude. También son exploradas en la guía, una serie de diferentes opiniones sobre como crear un sistema apropiado, dependiendo en la escala de operaciones y el estado de regulación de cada institución, en sus esfuerzos para movilizar ahorros.